Il canottaggio è "sbarcato" a Milazzo(è proprio il caso di dirlo) nel 1999, portato con tanto entusiasmo dall'ex presidente del circolo, Ing. Vincenzo Spoto. L'avvio è stato di quelli "col botto", in quanto l'allenatore era il pluricampione italiano e due volte campione del mondo Giovanni Calabrese, che con la moglie Paola Grizzetti è riuscito a costruire in poco tempo un gruppo fortissimo, in grado di competere, oltre che nelle regate regionali, anche in quelle disputate a livello nazionale. All'inizio del 2000, tuttavia, il sodalizio tra i coniugi Calabrese e il circolo si è rotto. e il canottaggio mamertino ha vissuto un anno poco florido. La situazione è decisamente cambiata nel 2001, con l'arrivo del messinese Antonello Aliberti, per molti anni atleta della nazionale italiana, nelle vesti di allenatore. Aliberti, tecnico capace ed esperto ha nuovamente portato tra i caottieri Milazzesi nuovo entusiasmo e buoni risultati, rifondando un gruppo che si era sfaldato all'indomani della partenza di Calabrese. Aliberti ha lasciato nel 2002 il gruppo nelle mani di Davide Giardina, ottimo sculler messinese e campione italiano universitario con il "Due senza". Giardina ha, per diverso tempo, portato avanti un gruppo affiatatissimo e competitivo, cogliendo numerosi successi a livello regionale ed effettuando ottime prestazioni anche in ambito nazionale. Nel frattempo, la presidenza del circolo è passata dall'Ing. Spoto all'Ing. Alberto Bonaccorsi, che ha subito posto grande attenzione sulle attività del circolo, ristrutturando la palestra e provvedendo all'acquisto di nuove attrezzature ed imbarcazioni. Nel 2008, le redini di allenatore sono passati al giovane Luigi Siracusano, che ha subito portato buoni risultati al circolo e che mira a preparare equipaggi che possano ottimamente figuarare nelle competizioni nazionali.